For 2 brancher gælder der helt specielle forhold, idet der udover BREF findes et EU direktiv, implementeret i en bekendtgørelse.
For begge direktiver/bekendtgørelser gælder det, at emissionsgrænserne ikke længere er udtryk for BAT. Der skal derfor i forbindelse med udarbejdelse af en miljøgodkendelse altid foretages en uafhængig og supplerende vurdering med udgangspunkt i BREF dokumentet. Denne vurdering kan føre til, at der fastsættes lavere emissionsgrænseværdier.
EU Kommissionen har klart tilkendegivet, at direktiverne om luftforurening fra store fyringsanlæg og om affaldsforbrændingsanlæg er minimumsdirektiver, som gælder parallelt med IPPC-direktivet.
Anbefalingerne i BREF dokumenterne skal derfor lægges til grund ved fastsættelse af vilkår i en godkendelse, uagtet bekendtgørelsens grænseværdier måtte sige noget andet.