Miljøstyrelsen tager gebyr for behandling af en ansøgning om godkendelse af produktion af GMO’er. Gebyret skal dække de faktiske omkostninger i forbindelse med behandling af sagen, dvs. antallet af timer, som Miljøstyrelsens bruger på sagsbehandling, eventulle omkostninger til indhentning af ekspertbistand, og udgifter til annoncering af godkendelsen i lokalt blad. Miljøstyrelsens timesats er fra maj 2011 på 795 kr.
Når Miljøstyrelsen har modtaget en fuldt belyst ansøgning om godkendelse af produktion af GMO’er, laver Miljøstyrelsen et overslag over de udgifter, der er forbundet med udarbejdelse af godkendelsen, herunder arbejdsløn, overhead og evt. indhentning af ekspertbistand. Miljøstyrelsen sender herefter en faktura på beløbet til virksomheden. Når virksomheden har betalt fakturaen, påbegynder Miljøstyrelsen udarbejdelse af godkendelsen. Ved sagens afslutning vil Miljøstyrelsen foretage den endelige beregning af de faktiske omkostninger. Miljøstyrelsen vil herefter foretage en regulering af gebyret, hvis det indbetalte gebyr ikke modsvarer de faktiske omkostninger.
For flere oplysninger om hjemmel til at opkræve gebyr, se Bekendtgørelse om gebyr i henhold til lov om miljø og genteknologi.
Tilsyn med genteknologisk produktion foretages af Miljøstyrelsens afdeling i Roskilde.
Miljøstyrelsen samordner på vegne af miljøministeren de kommunale beredskabsplaner for olie- og kemikaliforurening efter forhandling med de berørte kommuner.