Produktion af GMO’er skal risikovurderes og godkendes før produktionen kan gå i gang. I Danmark er der to myndigheder, der hver især godkender en sådan produktion. Miljøstyrelsen godkender den miljømæssige side af anvendelse af GMO’er (sammen med kommuner) til indesluttet anvendelse. Arbejdstilsynet godkender den arbejdsmiljømæssige side af anvendelsen. De to myndigheder skal have hver deres ansøgning om godkendelse, og udsteder også hver deres godkendelse.
Risikovurderingen kortlægger, hvorvidt GMO’en udgør en sundheds- eller miljømæssig risiko, og skal vedlægges ansøgningen om godkendelse.
Tilsyn med genteknologisk produktion foretages af Miljøstyrelsens afdeling i Roskilde.
Arbejdstilsynet godkender den arbejdsmiljømæssige side af anvendelsen af GMO'erSe ansøgningsskema her
Miljøstyrelsen samordner på vegne af miljøministeren de kommunale beredskabsplaner for olie- og kemikaliforurening efter forhandling med de berørte kommuner.