Miljøstyrelsen fører tilsyn med forsøgsudsætninger af GMO’er. Når Miljøministeren har godkendt forsøgsmæssig udsætning i miljøet af GMO’er (f.eks. planter), fører Miljøstyrelsen tilsyn med, at vilkårene i godkendelsen overholdes, og at forsøgsudsætningen ikke medfører uønskede virkninger på miljø, natur eller sundhed, der ikke kunne forudses, da godkendelsen blev givet, eller at påvirkningen af miljø, natur eller sundhed i øvrigt ikke går ud over det, der blev lagt til grund ved godkendelsen.
Miljøstyrelsens tilsyn vil typisk være tilsyn med markerne (i de tilfælde, hvor GMO’en er en plante) og deres omgivelser i den periode, hvor de genetisk modificerede planter sås, er i vækst eller høstes. Desuden vil der i disse tilfælde blive ført tilsyn med markerne, efter at selve forsøgsudsætningen er afsluttet, indtil det er sikkert, at eventuelt overlevende frø af GMO’er ikke spirer på forsøgsarealet. Tilsynet er gebyrbelagt.