Miljøstyrelsen fører med jævne mellemrum tilsyn med de faciliteter på de virksomheder og forskningsinstitutioner, hvor Miljøstyrelsen har været inddraget i godkendelser. Miljøstyrelsen fører tilsyn med, at der ikke er risiko for, at GMO’erne kan undslippe til det ydre miljø. Der kan både være tale om uanmeldte og varslede tilsynsbesøg. Tilsynet er ikke gebyrbelagt.
Tilsyn med genteknologisk produktion foretages af Miljøstyrelsens afdeling i Roskilde.
Miljøstyrelsen samordner på vegne af miljøministeren de kommunale beredskabsplaner for olie- og kemikaliforurening efter forhandling med de berørte kommuner.