Når man køber pesticider, udgøres en del af prisen af afgifter. Det overordnede formål med afgifterne er at nedsætte forbruget af pesticider - ikke kun gennem den øgede pris, men også gennem de projekter og områder, som afgifterne finansierer.
På insektmidler og jorddesinfektionsmidler er afgiften 35% af detailprisen, på ukrudtsmidler er den 25%, og på mikrobiologiske midler og visse biocider er den 3% af engrosprisen.
Pengene, der kommer ind til staten fra pesticidafgifterne, føres delvist tilbage til jordbruget ad forskellige veje, og resten går til forskning mm. Siden 2004 er der besluttet en fast procentfordeling:
83% går til de såkaldte promillemidler under Fødevareministeriet. Her kan erhvervet søge pengene gennem Promilleafgiftsfonden for landbrug, Fonden for økologisk landbrug og Promilleafgiftsfonden for frugtavlen og gartneribruget. Her gives hovedparten af afgiftspengene som tilskud til blandt andet produktudvikling, sygdomsbekæmpelse, rådgivning, forskning, uddannelse osv. Resten af de 83% fordeles til medfinansiering af ordningen Miljøvenlige jordbrugsforanstaltninger.
13,5% går til aktiviteter under Miljøministeriet og Fødevareministeriet. Heraf anvendes en del til Pesticidforskningsprogrammet, øvrige forskningsprogrammer og diverse udgifter forbundet med godkendelsesordningen for pesticider.
3,5% går til aktiviteter under Pesticidplan 2004-2009.
Læs mere om pesticidafgifter i lovbekendtgørelse nr. 57 af 30. januar 2008 .
Afgiftsloven blev vedtaget i 1996 og er siden ændret i 1998, hvor afgifterne blev væsentligt forøget.
Før 1996 var der også en afgift, men den var kun på 3%.