Hvert år indgås der en etårig direktørkontrakt mellem Miljøstyrelsens direktør og Miljøministeriets departementschef. Kontrakten opstiller de resultater, som direktøren skal måles på. Kontrakten omfatter mål om strategisk udvikling og ledelse af Miljøstyrelsen, og sætter mål om direktørens bidrag hertil.Direktørkontrakt 2009
Direktørkontrakt 2007