Miljøstyrelsen forsøger at "feje for egen dør" og tage vores egen medicin. Miljøstyrelsen vil gå foran og vise, hvordan man i en offentlig virksomhed kan mindske negativ miljøpåvirkning og samtidig have en høj produktivitet. Derfor arbejder vi systematisk med vores eget miljø, både når vi ser på forbrug af el og vand, affaldsbehandling, indkøb og så videre. Vi skal bruge mindre varme, el og brændstof. Målet nås ved at arbejde for miljørigtig adfærd blandt medarbejderne, investere i energiforberende tiltag og indkøbe energieffektive varer.
EMAS Miljøstyrelsen har siden 2003 arbejdet aktivt med miljøledelse og er certificeret efter EMAS-standarden. Miljøstyrelsen var den første danske statslige administration, der opnåede miljøcertificering efter denne standard. EMAS står for Eco-Management and Audit Scheme. Det betyder, at vi skal leve op til en række regler og krav med hensyn til vores miljøarbejde. Det gælder både den direkte påvirkning ved indkøb, el, vand, varme, papir, rejser og affald, og den indirekte påvirkning af miljøet, som styrelsen udøver gennem sin virksomhed som myndighed. For eksempel når vi udarbejder lovforslag, bekendtgørelser, politiske oplæg og afgørelser. Vores indsats bliver kigget efter i sømmene hvert år af et hold eksterne auditører.
Det grønne ministerium Den grønne målsætning er forankret i hele Miljøministeriet. Det er blandt andet besluttet at reducere energiforbruget med 20 procent ved udgangen af 2013. Grundstenen i det interne fælles miljøarbejde er den fælles miljøpolitik, som udarbejdes hvert tredje år. Miljøpolitikken sætter fokus på, hvilke centrale visioner og emneområder, der skal arbejdes med på tværs af ministeriet. Miljøpolitikken omsættes til praksis via en årlig fælles handlingsplan, som beskriver konkrete mål og initiativer. Hvert år udarbejdes der desuden en fælles miljøredegørelse, som følger op på resultatet af de konkrete initiativer samtidig med, at Miljøministeriets samlede miljøpåvirkning og udvikling bliver præsenteret.
Miljøministeriets interne miljø- og energiarbejde koordineres af Miljøministeriets Koncernindkøb, som organisatorisk er placeret under Miljøstyrelsen. Hver styrelse og hvert miljøcenter i ministeriet har desuden udpeget en miljø- og energiansvarlig, der har ansvar for at igangsætte konkrete aktiviteter mv. de enkelte steder.